Además, la creciente preocupación por el medio ambiente y la sostenibilidad comenzó a influir en la manera en que se gestionaban los recursos hídricos en España. Se empezaron a implementar políticas más estrictas para la conservación del agua y la protección de los ecosistemas, lo que afectó las operaciones del embalse. Por ejemplo, se establecieron caudales ecológicos mínimos para garantizar que el flujo de agua aguas abajo del embalse fuera suficiente para mantener los ecosistemas fluviales.

La introducción de nuevas tecnologías de riego, como el riego por goteo, ayudó a mejorar la eficiencia en el uso del agua, lo que alivió parcialmente la presión sobre el embalse. Sin embargo, el desafío de equilibrar las necesidades agrícolas con la conservación del agua y la protección del medio ambiente seguía siendo significativo.

Con el cambio de siglo (XXI), el embalse Torre del Águila ha enfrentado nuevos desafíos, muchos de los cuales están relacionados con el cambio climático. Las sequías han sido incluso más frecuentes e intensas, y las precipitaciones se han vuelto más erráticas, lo que ha exacerbado las dificultades para gestionar el embalse de manera efectiva. En algunos años, los niveles de agua han descendido a mínimos históricos, lo que ha puesto en peligro la capacidad del embalse para suministrar agua suficiente para el riego de cultivos que a su vez se han expandido significativamente. Esto ha llevado a la necesidad de implementar estrategias de gestión más sofisticadas, incluyendo la monitorización constante de la calidad del agua y la adopción de prácticas agrícolas más sostenibles.

Destacar la entrada en servicio en 2024 de la estación de bombeo en el Canal del Bajo Guadalquivir que permite utilizar esta agua para los cultivos del área del embalse.