Tras la caída del Imperio Romano, la zona del Palmar de Troya quedó bajo dominio visigodo y, posteriormente, árabe. Constan datos históricos que remontan hasta el siglo XIII, cuando formaba parte de la "Banda Morisca", sistema defensivo frente a los ataques musulmanes. 
Como ejemplo y evidencia arqueológica encontramos La Torre del Águila:
“El sitio arqueológico se emplaza sobre tres elevaciones situadas al noroeste del embalse Torre del Águila. Ocuparía una importante extensión dedicada en la actualidad a las labores agrícolas, excepto la margen este, donde se encuentra la barriada de la Cañada. Estos dos factores han debido afectar de forma importante al sitio, a lo que hay que sumar el continuo expolio al que se ha visto sometido desde época moderna. Su ubicación se justifica por dos razones principalmente: 1) La cercanía del arroyo Salado, al sur, ocupado hoy por el embalse Torre del Águila. Se suele pensar que el Salado tendría una mayor entidad en época protohistórica y romana, ubicándose en su margen distintos asentamientos como los municipium de Callet y Siarum, y el oppidum situado en el Bollo. 2) Un cruce de cañadas. Desde el sitio parte la Cañada Real de las Mantecas o de El Coronil, en dirección este, siendo atravesada por la Cañada Real de Sevilla a Ubrique, que discurre de norte a sur..” (Instituto Andaluz de Patrimonio Histórico.
 
Tras la invasión musulmana y con la Reconquista cristiana, la zona fue repoblada, y la agricultura y la ganadería continuaron siendo las principales actividades económicas de la región. El Palmar de Troya se integró en el señorío de Utrera y experimentó un nuevo periodo de crecimiento y desarrollo.

Fuentes:
-Instituto Andaluz de Patrimonio Histórico.
- Hace un muy buen pueblo.1256-1503.José Luis Villalonga. 2016.